Die Leitung der Forschungsstelle liegt beim Inhaber der Professur für Kirchengeschichte am Fachbereich Katholische Theologie der Goethe-Universität.
In den Jahren 2019 bis zu seinem Tod war Prof. Dr. Matthias Theodor Kloft Teil des Teams und von März 2020 bis März 2022 kommissarischer Leiter der Forschungsstelle.